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Después de la Mahasamadhi de Paramahamsa Madhavadas Maharaj, Swami Kuvalayananda recibió un “mensaje superior” para llevar a cabo la tarea de propagación del Yoga a luz de las ciencias modernas y en beneficio de la humanidad en tiempos modernos. El mensaje recibido fue tan fuerte que comenzó a inquietarse. Cuando se estaba capacitando en prácticas avanzadas con su Gurú, comenzó a tener experiencias muy poco frecuentes y extraordinarias, estimulando aún más su curiosidad. Quería llegar a la explicación científica de sus experiencias. Se reunió con científicos y Yogis para lograr tales explicaciones, pero fue desalentado en sus esfuerzos. De todas formas, la idea de la investigación científica en el campo de Yoga lo mantenía fascinado.

Después de recibir el “llamado de arriba” , decidió iniciar el Instituto de Investigación del Yoga con el nombre de Kaivalyadhama en Lonavla, fundado el 7 de Oct.1924. Incluso, antes de la fundación, el Instituto realizó algunas investigaciones con la ayuda de amigos y expertos. Los primeros experimentos científicos fueron probados en el tubo digestivo. Las prácticas Yóguicas como Uddiyana, Nauli fueron estudiadas con rayos X. El barómetro se utilizó para explicar determinados fenómenos yóguicos, arrojando nuevos conocimientos sobre hechos fisiológicos desconocidos hasta entonces. La primera investigación científica de Swami Kuvalayananda muestra vaciamiento parcial del colon durante Nauli y fue denominada por él,”Vacío Madhavadas”. Esta fue la primera experiencia planificada y controlada en el campo del Yoga . De este modo, comenzó el renacimiento del Yoga científico y Swami Kuvalayananda se convirtió en el pionero del Yoga Científico. Más tarde, colaboró con científicos de occidente para la investigación científica en Yoga.

Además de la investigación científica, inició proyectos de Investigación de los Textos de Yoga como la Enciclopedia de Yoga, Diccionario de Yoga, Concordancia Yóguica, Catálogo de los manuscritos de Yoga, ediciones críticas de libros antiguos Yóguicos y la reconstrucción de textos desaparecidos de Yoga.

S.K. fue el primero en conducir la Investigación Terapéutica en el tratamiento del asma, según el yoga, en 1963. El objetivo era investigar la eficacia científica de dicho tratamiento y estudiar el mecanismo de acción. Su trabajo en Yoga Terapéutico se convirtió en un éxito y su utilidad se reconoce abiertamente. También modernizó la Terapia Yóguica, a partir de sus investigaciones científicas del Yoga práctico. Varias personas reconocidas en ese momento, realizaron consultas terapeúticas con él, incluyendo Mahatma Gandhi, Pandit Jawaharlal Nehru, Indira Gandhi, etc., y recibieron tratamiento bajo su supervisión. En el ámbito de la Educación en Yoga, preparó Cursos de Formación de Profesores de Yoga en 1932; organizó la práctica del Yoga en un nivel masivo; estableció la primera Escuela de Yoga en 1950, para satisfacer las necesidades de preparación de Profesores de Yoga. También fue uno de los pioneros de la Educación Física en India. Fue designado por el Gobierno de su país, como Presidente de los tres Comités de Educación Física de 1937, 1945-46 y 1952, con el fin de difundir y fomentar la Educación Física en India.

Objetivos e ideales de Swami Kuvalayananda

“Nacido de padres pobres en 1883 tuve que depender de la caridad especialmente para mi educación secundaria. Cuando hacia mi educación secundaria en Puna hice dos votos: Permanecer célibe durante toda mi vida y no servir jamás bajo el Gobierno Británico. En esa época se fijaron tres ideales en mi vida: preparar una joven generación patriótica a través de la educación secundaria y universitaria; dominar el sistema indio de educación física e integrarlo con la educación general y combinar ciencia y espiritualidad coordinando el Yoga con las ciencias modernas, física, mental y espiritualmente.
Para realizar mi primer ideal conocí profundamente sánscrito que es la fuente de la cultura india y lo enseñe a mis alumnos para desarrollar en ellos amor por nuestra cultura con perfecto respeto hacia todas las otras culturas de modo que surja una cultura universal.
Este trabajo de enseñanza lo hice hasta 1923. Tuve especial ventaja para realiza mi ideal educativo porque durante los dos últimos años de este periodo fui el Director y Rector del National College de la Sociedad de Educación. Abandoné esta Sociedad en 1923 cuando fue desnacionalizada.
Para cumplir mi segundo ideal (integrar el sistema de educación física indio a la educación) me puse bajo las enseñanzas del Profesor Dr. Manikrao de Baroda.
El fue un perfecto maestro y me entreno afectuosamente incluso en el sistema filosófico entre 1907 y 1910.
Durante este periodo de entrenamiento me di cuenta más que nunca de que el aula de clase y el campo de deportes deben hacerse una unidad para que la armonía del mundo se pueda realizar.
Mi más importante ideal era el tercero, combinar ciencia y espiritualidad a través del Yoga. Para esto me puse en 1919 a los pies de mi Maestro Paramahamsan  Madhavas de Malsar en Gujarat que se había entrenado bajo diferentes gurús en los diferentes aspectos del Yoga y había practicado tapas por doce años.
A pesar de pertenecer a antiguas tradiciones estaba interesado en la ciencia moderna y asintió con mi propio ideal de ciencia y espiritualidad por lo que obtuve gran estimulo de el.
Abandono su cuerpo en 1921.
“El estimulo de mi maestro me oriento para establecer Kaivalyadhama para coordinar Yoga y ciencia a partir de 1924. Pero yo ya había comenzado antes mi investigación científica de modo que en 1924 se pudo comenzar la publicación de la revista de investigación científica, literaria y filosófica .”